Wnętrze
Katedra jest kościołem halowym. W jej ciemnym wnętrzu tłoczą się turyści, lecz budowla nie utraciła religijnego charakteru. W godzinach szczytu naprzeciwko Madonny z Peczu, umieszczonej pod subtelnie zdobionym późnogotyckim baldachimem, na prawo od wejścia, nie można wetknąć szpilki. Legenda mówi, iż w niezwykle dużych oczach Madonny podczas jednej z bitew z Turkami w 1697 r. pojawiły się prawdziwe łzy, dzięki czemu najeźdźcy zostali odparci.
Miano zbawiciela miasta przypisywane jest także księciu Eugeniuszowi Sabaudzkiemu, bohaterowi toczonych na początku XVIII wieku kampanii przeciwko Turkom. Książę spoczywa w Kaplicy Północnej (Tirnakapelle), na lewo od nawy głównej. Kaplica jest prawie bez przerwy zamknięta. Jedyne co można zobaczyć, to XV-wieczny krzyż. Umieszczona na nim rzeźba Chrystusa ma bujną czarną brodę z ludzkich włosów, która – jeśli wierzyć legendzie – ciągle rośnie. W pobliżu, w części należącej do nawy północnej, pod kolejnym gotyckim baldachimem znajduje się wizerunek Serca Jezusowego.
Najcenniejszym arcydziełem w katedrze jest wyrzeźbiona w kamieniu kazalnica mistrza Pilgrama z początku XVI wieku. Zdobią ją popiersia czterech Ojców Kościoła, świętych Augustyna, Grzegorza, Hieronima i Ambrożego. Niezwykle naturalistyczne podobizny są dziełem morawskiego artysty, Antona Pilgrama, który u stóp schodów ambony umieścił autoportret (mężczyzna wyglądający przez okno). Kazalnica jest arcydziełem sztuki rzeźbiarskiej. Zachwycają nie tylko postacie ludzkie, ale i symbolizujące zło jaszczurki i ropuchy (obecnie przykryte ochronnym tworzywem), biegnące w górę po poręczy w stronę szczekającego psa, symbolu dobra. Polichromowana podstawa obecnie już nie używanych organów przy północnej ścianie nawy, to również dzieło Pilgrama. Pierwotnie organy znajdowały się nad ostatnim późnogotyckim baldachimem, którego piękne, misternie wykonane rzeźbienia zobaczyć można po przeciwnej stronie nawy.
Chcąc uwolnić się od tłumu turystów, warto udać się do dwóch bliźniaczo podobnych kaplic przy obu końcach transeptu. W kaplicy św. Katarzyny po stronie południowej, za żelazną bramą, na uwagę zasługuje chrzcielnica z 1481 roku: w marmurowej podstawie wyrzeźbiono postacie czterech uczniów Chrystusa, a dno zdobią podobizny dwunastu apostołów, Chrystusa i św. Stefana; drewniane wieko przypomina kształtem wieżę kościelną i również pokryte jest rzeźbieniami. Na zworniku nad chrzcielnicą widoczna jest postać św. Katarzyny dzierżącej miecz. Po północnej stronie znajduje się kaplica św. Barbary. Jej zwornik ozdobiono motywami heraldycznymi. Kaplica poświęcona jest pamięci ofiar obozów koncentracyjnych. W niewielkim trójkątnym pojemniku, umieszczonym na krzyżu poniżej stóp Chrystusa, znajdują się prochy zamordowanych więźniów Oświęcimia. Wychodząc z kaplicy, warto zwrócić uwagę na statuę cierpiącego Chrystusa, nazywaną Zahnwehherrgott (Pan od bólu zębów|. Jak mówi legenda, trzej studenci, którzy wymyślili tą nazwę, dostali tak potwornego bólu zębów, że nie mógł im pomóc żaden z dentystów, a ból ustał dopiero wtedy, gdy młodzieńcy padli przed rzeźbą na kolana i zaczęli błagać o przebaczenie.
Chór za transeptem można zwiedzać tylko z przewodnikiem. Warto podejść do bogato rzeźbionego późnogotyckiego ołtarza szafiastego (Wiener Neustadt), arcydzieła z połowy XV w. Ołtarz trafił do katedry w 1883 roku. W dni powszednie skrzydła ołtarza są zamknięte i widać tylko postacie dwudziestu czterech świętych, drugie tyle zobaczyć można w niedzielę, gdy skrzydła są otwarte. Najcenniejsze są umieszczone w centralnej części drewniane wizerunki Najświętszej Maryi Panny z Dzieciątkiem, sceny narodzin Chrystusa, adoracji Trzech Króli, koronacji i śmierci Maryi – podziwiać można je jedynie podczas największych uroczystości kościelnych. Na lewo poniżej ołtarza znajduje się grobowiec fundatora katedry, Rudolfa IV ozdobiony wykonanymi z piaskowca podobiznami Rudolfa i jego żony, Katarzyny (w rzeczywistości grobowiec jest pusty, a Rudolf i Katarzyna pochowani są w katakumbach).
Przy Chórze Apostołów umieszczono wykonany z pięknego czerwonego marmuru grobowiec cesarza Fryderyka III. Wśród zdobiących go 240 rzeźb, 32 zbroi i licznych wizerunków zwierząt wyryto tajemniczy akronim. Spośród licznych interpretacji najbliższe prawdy wydają się dwie: Austna Erit In Orbe Ultima (Austria będzie trwała do końca świata) i Ajuila Electa Iows Omnia Wincit (wybrany orzeł zapanuje nad resztą świata). Fryderyk podał niemiecką wersję brzmiącą: Alles Erderich Ist Ósterreich Untertan (cały świat podporządkowany jest Austrii). Pojawiła się także wersja a rebours: Mer Erst Ist Ósterreich Werloren (po pierwsze Austria jest przegrana). Podstawą do sformułowania takiego stwierdzenia był fakt, że Fryderyk nie potrafił panować nad Górną i Dolną Austrią, w rezultacie czego w 1485 roku został w końcu usunięty z Wiednia przez króla węgierskiego, Macieja Korwina.
Katakumby
Schody w północnym transepcie prowadzą do katakumb (Katakomben). Wielu jest zawiedzionych tym, co można w nich zobaczyć. W katakumbach spoczywa Rudolf IV i jego małżonka Katarzyna, a także pierwsi władcy z dynastii Habsburgów oraz wielu księży, biskupów i arcybiskupów związanych z katedrą. Rudolf zmarł w 1365 roku w Mediolanie, mając zaledwie 26 lat, mimo to podczas siedmioletnich rządów zdołał zainicjować budowę katedry i założyć uniwersytet. Jego zwłoki przewieziono do Wiednia zawinięte w skórę wołową, która miała zabezpieczyć ciało przed rozkładem. W tylnej części katakumb znajdują się urny z doczesnymi szczątkami ostatnich władców habsburskich.
Idąc schodami wchodzi się do wilgotnego, słabo oświetlonego labiryntu XVIII-wiecznych korytarzy, które zamknięto w 1783 roku, gdy zapach rozkładających się zwłok stał się nie do wytrzymania. Od tego czasu katakumby pozostały w prawie niezmienionym stanie. Pochowano tu ok. 16 tysięcy osób, których kości zajmują ponad 30 pomieszczeń – w ostatnim znajdują się szczątki ofiar zarazy, jaka dotknęła miasto w średniowieczu. Z katakumb wychodzi się sekretnym przejściem, które prowadzi na Stephansplatz. Przy północno-wschodnim rogu katedry, niedaleko wyjścia z katakumb, znajduje się kazalnica Kapistrana, kiedyś główna ambona w katedrze, umieszczona na zewnątrz, gdy jej miejsce zajęło dzieło Pilgrama. Nazwa pochodzi od nazwiska weneckiego księdza, Jana Kapistrana, który w XV wieku wygłaszał z niej kazania nawołujące do przeciwstawienia się Turkom. Nad amboną zobaczyć można barokowe zdobienia: promieniejące słońce i św. Franciszka depczącego Turka.